Na Quinta Guerra do Santo Graal, Rin Toosaka é um dos magos da competição. Com seu Servo, Archer, ela espera obter o prêmio supremo - o Santo Graal, um artefato mágico capaz de conceder ao seu portador qualquer desejo. Um dos colegas de classe de Rin, Emiya Shirou, acidentalmente entra na disputa e comandando um servo conhecido como Saber. Ao se encontrarem enfrentando inimigos em comum, Rin e Shirou decidem formar uma aliança temporária enquanto desafiam seus oponentes na Guerra do Santo Graal. Esta é a adaptação do segundo seguimento da popular novela visual: Fate/Stay Night. Neste seguimento, Tohsaka Rin será a protagonista. Revelações sobre Shirou e seu destino serão feitas.