Diz-se que o Santo Graal concede desejos para quem o possui. Para que o Santo Graal se materialize, um ritual está a ponto de ser feito. O Santo Graal escolherá sete wizards (mestres) e dar-lhes-á sete espíritos familiares (servos). Saber(Sabre), Archer(Arqueiro), Rider (Amazona), Berserker(Guerreiro), Lancer(Lanceiro), Caster(Invocador) e Assassin(Assassino). O mestre possui um contrato com um dos sete espíritos familiares (classes). O mestre deve provar que está qualificado ter o Santo Graal, ou seja deve eliminar outros mestres à mostra que é o mais forte. Este ritual é chamado "A Guerra do Santo Graal". A história ocorre na cidade de Fuyuki. é uma cidade cercada pelo mar e pelas montanhas. Nesta cidade comum, as trevas se aproximam. O personagem principal tinha perdido seus pais em um incendio quando era uma criança. Foi adotado por uma pessoa que se chamava de mago. Desobedecendo seu padrasto, o personagem principal estudou a mágica. Entretanto, porque faltou o talento, ele só pode obter uma habilidade mágica após muitos anos de treinamento. Um dia, ele é envolvido acidentalmente em uma luta entre dois mestres . Enquanto está morrendo, uma menina de repente aparece e salva-o. "... agora, eu pergunto-lhe. Você é meu mestre?" Faz um contrato com um dos sete servos, Saber. Disposto ou não, transforma-se um mestre, e mergulha em uma guerra sobre o Santo Graal...