Três anos após a conspiração do Projeto Babilônia ser resolvida, os membros da unidade patlabor de Kiichi Gotou foram por caminhos separados. Gotou permanece com a equipe Patlabor, acompanhado por Shinobu Nagumo, sua paixão romântica e camarada. Jogando no ceticismo do público em relação à Força De Autodefesa Terrestre Japonesa, uma organização terrorista começa a trabalhar de dentro dos militares para causar destruição e agitação civil em massa em todo o Japão. Nagumo descobre que o cérebro por trás da crescente conspiração terrorista é ninguém menos que Yukihito Tsuge, seu antigo mentor e amante. Gotou remonta sua antiga equipe Patlabor, liderada pelo piloto Noa Izumi. Liderando a equipe em uma missão para prender Tsuge, Nagumo deve chegar a um acordo com seus complicados relacionamentos passados, a fim de salvar o Japão.