Gintoki e seus amigos Yorozuya (ou melhor, funcionários sofrendo violações trabalhistas), Shinpachi e Kagura, continuam a sobreviver na futurística cidade infestada de alienígenas de Edo. Eles assumem qualquer trabalho que possam encontrar enquanto tentam não se envolver em nada muito perigoso. Mas quando Katsura, o líder dos rebeldes Joui e conhecido de longa data de Gintoki, desaparece após ser brutalmente atacado por um assassino desconhecido, Shinpachi e Kagura começam uma investigação sobre seu paradeiro e a identidade do agressor. Enquanto isso, Gintoki assume um trabalho aparentemente não relacionado: o ferreiro Tetsuya pede que Gin recupere uma estranha e poderosa espada chamada Benizakura, que foi recentemente roubada. Conforme as duas investigações se cruzam gradualmente, a tripulação de Yorozuya se encontra no meio de uma grande conspiração que depende da natureza sinistra da espada Benizakura. Gintoki resolve levar a luta diretamente para o quartel-general inimigo e, junto com alguns aliados inesperados, inicia uma de suas tarefas mais perigosas.