Gundam SEED Destiny se passa dois anos após os acontecimentos de Gundam SEED. Continua a história e mostra a continuação da guerra entre PLANT (colônias) e a Aliança Terrestre (Terra). Contém novos personagens, mas os personagens de Gundam SEED continuam presentes, embora o foco não seja mais neles. No ano Cosmic Era 0071, uma briga de guerra entre dois mobile suits resulta na destruição de um país neutro. Shinn Asuka encontra toda a sua família morta como consequência da violência, e jura sua vida por uma busca vingativa das forças naturais da Terra, com a impressão de que eles foram os responsáveis ​​pela morte de sua família. Shinn trabalha seu caminho através das forças militares da ZAFT, eventualmente ganhando acesso ao cockpit do protótipo do traje móvel Impulse. Athrun Zala, um veterano da guerra recente empregado a serviço do diplomata Cagalli Yula Athha, se vê envolvido em um novo conflito entre os Naturais e os Coordenadores: seres humanos artificialmente aprimorados antes do nascimento e odiados pelos Naturais por suas vantagens biológicas. À medida que a nova guerra surge e a violência se torna inevitável, Athrun se vê como um mentor para o amargo Shinn. Athrun deve orientar o jovem piloto para uma mentalidade de misericórdia antes que sua raiva e desejo de vingança o consuma. [Escrito por MAL Rewrite]