O enredo acontece no ano de 2059. Tudo começa numa colônia de 10 milhões de habitantes chamada de Lava Macross Frontier. Logo no começo, a mais amada cantora pop de animes de mecha (mais do que a Lacus Clyne), Sheryl Nome, está indo em direção a Frontier para fazer um show. Um grupo misterioso ataca a colônia, e Ranka Lee, uma grande admiradora de Shiryl resolve ajudar a defender o local. A história dará enfoque também ao irmão mais velho de Renka, bem como, haverá um novo mecha, chamado pelo nome código de VF-25. A máquina faz parte de um grupo especial da ONU, que tem como objetivo eliminar os Vajra, a raça alienígena responsável pela invasão da colônia.