Mato Kuroi acabou de entrar no fundamental, e no primeiro dia, alguém chama sua atenção, sua colega Yomi Takanashi, as duas se encontram, a inocente Mato e a madura Yomi.Aparentemente opostos, mas o tempo que passam juntos apenas fortalece uma amizade crescente. Mas, quando elas entram no segundo ano do fundamental, elas ficam em classes separadas, e começam a ficar distantes uma da outra.Mas em algum lugar ao mesmo tempo... Em outro mundo, uma jovem garota com chamas azuis em seus olhos, Black Rock Shooter, enfrenta outra garota, esta segurando uma foice negra, Dead Master.E uma batalha para a morte começa a se revelar.