Em um caloroso dia de verão, um menino ouviu o som de sinos tocando como se estivesse comemorando algo, na montanha perto de sua casa. Vários anos depois, na mesma montanha, o mushishi Ginko encontra uma garota estranha com ervas daninhas que crescem fora de seu corpo. Logo depois, Ginko encontrou com o garoto Yoshiro, agora crescido, no caminho da montanha. Com a ajuda de Yoshiro, Ginko logo começa a descobrir quem é essa menina misteriosa e o que aconteceu com ela.