Rintaro Okabe é um auto-proclamado "cientista louco" que acredita que uma organização internacional está conspirando para remodelar o mundo de acordo com seus próprios interesses. Ele e seu amigo Itaru Hashida inadvertidamente criam um dispositivo capaz de enviar mensagens para o passado. A descoberta e experimentação deste instrumento torna-se o catalisador de alterações fundamentais para o presente. Alheio das consequências de suas ações, Rintaro e seus amigos acabam criando modificações de proporções graves. Agora ele deve tentar encontrar uma maneira de voltar a linha do tempo para o mais próximo possível do original, para salvar os preciosos membros do laboratório.