A história de Boys Be gira em torno de Kyoichi Kanzaki e Nitta Chiharu, amigos do peito desde a infância. Kyoichi é mais voltado às atividades artísticas, como pintura e escultura, enquanto Nitta é uma das mais promissoras atletas da escola em que estudam. Apesar das diferenças no estilo de vida de cada um, a afinidade entre Nitta e Kyoichi aumenta a cada ano que passa... novos sentimentos começam a surgir, mas a dificuldade em aceitar o que é óbvio acaba causando muitos desencontros.