Blue Gender se passa em um futuro não muito distante, em um mundo onde as coisas deram terrivelmente errado para a humanidade. Os humanos foram substituídos no topo da cadeia alimentar pelo Azul, uma raça de alienígenas parecidos com insetos que colonizaram a Terra e afastaram os humanos. Uma estação espacial, a Segunda Terra, foi construída como um porto seguro para os humanos, com a esperança de um dia recuperar a Terra mais uma vez. Yuji Kaido estava criogenicamente congelado, sofrendo de uma doença conhecida como células B. Uma vez acordado, ele se junta a uma equipe de soldados que veio à Terra para retirá-lo. Infelizmente, nada sai de acordo com o planejado enquanto eles voltam para a Segunda Terra. Yuji terá que lidar com os horrores de travar uma guerra sangrenta enquanto ele e os lutadores da Segunda Terra procuram sobreviver. Eles serão capazes de reconquistar a Terra sem perder sua humanidade?