Quando dois irmãos, Edward e Alphonse Elric tentam reviver a sua mãe usando Alquimia, algo sai muito errado. Edward perde a sua perna e o seu braço, e Alphonse perde o seu corpo por completo. Agora, alguns anos depois, Edward se torna aquilo que conhecem como "Alquimista Federal", ou seja, um alquimista reconhecido nacionalmente. Juntamente com Alphonse, cujo espírito está preso em uma armadura de metal e com os seus "Automail" da perna e do braço, Edward e Alphonse partem em uma busca para restaurar o seu estado natural.