Uma frota de navios não tripulados, chamado de Frota da Névoa, equipados com tecnologia e armas super avançadas apareceu de repente por todo o mundo. A humanidade não teve a capacidade de enfrentar tal frota e foi derrotada em uma guerra naval devastadora. Isto resultou na humanidade ser expulsa dos mares e perder sua capacidade de viajar neles. Anos depois desta guerra naval devastadora, Chihaya Gunzou e seus amigos estão a bordo de I-401, um submarino que pertenceu a Frota da Névoa, juntamente com Iona, o modelo mental de I-401, eles enfrentam a Frota da Névoa.