Em 2016, o colapso de uma usina nuclear cria uma grande catástrofe em Tóquio. 20 anos depois, a cidade tornou-se uma cidade fantasma devido aos altos níveis de radiação. A partir dessa área um sinal de socorro é recebido. As forças de Autodefesa enviam três garotas da unidade especial Coppelion para procurar sobreviventes. Mas por que não estão usando proteção contra radiação?