Komaeda Nagito acorda após vivenciar a morte no Programa Novo Mundo, mas que tipo de mundo ele está vendo e por que acordou? Nagito parece estar em um mundo estranho que possui alunos já vistos antes e pessoas que nunca existiram. Ele é um garoto normal, sem a Super Duper Sorte, frequentando uma escola normal. Envergonhado por ser o protagonista, ele pensa que ter um grande talento interrompiria sua felicidade, e acredita que viver uma vida comum e sendo moderadamente feliz enquanto assiste seus colegas de classe terem uma juventude normal que é maravilhoso. Entretanto, um dia, um garoto chamando-se de "Destruidor do Mundo" aparece, tendo a forma de olhos vermelhos de Hinata Hajime e começa a destruir o mundo de Nagito... mas por quê?