Era uma vez um vampiro conhecido como Vanitas, odiado por sua própria espécie por ter nascido sob uma lua cheia azul, já que a maioria surge na noite de uma lua vermelha. Com medo e sozinho, ele criou o "Livro de Vanitas", um grimório amaldiçoado que um dia se vingaria de todos os vampiros; é assim que a história segue... Vanitas no Carte acompanha Noé, um jovem a bordo de uma aeronave na Paris do século 19 com um objetivo em mente: encontrar o Livro de Vanitas. Um súbito ataque de vampiros o leva a conhecer o enigmático Vanitas, um médico que se especializou em vampiros e, para a surpresa de Noé, um humano completamente comum. O misterioso médico herdou o nome e o texto infame dos Vanitas, usando o grimório para curar seus pacientes. Mas por trás de seu comportamento gentil está algo um pouco mais sinistro...