As Crianças Escolhidas estão em choque após a traição de Meicoomon, o monstro digital que recentemente se juntou ao grupo ao lado de seu parceiro humano, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi está determinado a diagnosticar a infecção que assumiu o controle do Meicoomon. Enquanto isso, Takeru Takaishi percebe que seu próprio parceiro, Patamon, está começando a exibir sintomas alarmantes semelhantes aos de outros Digimon infectados, como Meicoomon.

Só então, as Crianças Escolhidas recebem uma mensagem da misteriosa entidade Homeostase, que os informa que seu mundo está em perigo de destruição total - e o Mundo Digital, a casa dos Digimon, também. A homeostase planeja fazer uma "reinicialização", que redefinirá todos os dados que compõem o Digital World e erradicará a infecção. No entanto, a reinicialização também apagará as memórias de todos os Digimon, incluindo os parceiros das crianças. As Crianças Escolhidas podem parar o Meicoomon antes que a Reinicialização se torne necessária, ou este é o fim de seu tempo junto com seus Digimon?