Digimon infectados - monstros digitais que começaram a agir de maneira frenética e experimentando um aumento bizarro de poder - estão invadindo o mundo real. Enquanto Maki Himekawa e Daigo Nishijima, agentes da misteriosa Agência Administrativa Incorporada, tentam aprender mais sobre essas aparições perturbadoras, a maioria das Crianças Escolhidas está ocupada se preparando para o festival de verão da Escola Secundária Tsukishima.

Mimi Tachikawa, tendo recentemente retornado ao Japão depois de viver nos Estados Unidos por anos, luta para encontrar seu equilíbrio entre seus colegas de classe e as Crianças Escolhidas. Enquanto isso, ao se dedicar aos estudos, Jou Kido tem deliberadamente evitado todos os problemas relacionados aos Digimon, fazendo com que seu parceiro Gomamon fuja. As ações individuais de Mimi e Jou causam atrito dentro do grupo, mesmo com a ameaça de Digimon infectados ainda pairando sobre eles. Será que os dois resolverão seus conflitos pessoais a tempo de ajudar seus amigos a combater a última ameaça?