O portão do Digital World está fechado há três anos. Taichi Yagami e seus amigos seguiram em frente e agora que ele está no segundo ano do ensino médio, é hora de crescer. Enquanto todos sabem o que querem fazer com suas vidas, Taichi permanece inseguro. Enquanto isso, o grupo se distancia ainda mais conforme eles seguem seus próprios caminhos.

Um dia, um Digimon insetoide desonesto chamado Kuwagamon se materializa e interrompe a eletrônica por toda a cidade. Taichi imprudentemente o persegue e acaba encurralado pelo ataque Digimon. De repente, o Digivice que ele ainda carrega - um dispositivo digital que serve a vários propósitos, incluindo ajudar um parceiro Digimon a evoluir - brilha, e Agumon aparece. Os dois são capazes de derrotar Kuwagamon, mas por que os Digimon cruzaram para este mundo em primeiro lugar? O que está acontecendo no mundo digital, e como exatamente isso envolve Meiko Mochizuki, a nova aluna transferida da classe de Taichi?