Poucos anos depois das aventuras das Crianças Escolhidas no Mundo Digital, um novo grupo de crianças são convocadas para salvar o Mundo Digital. Um governante maligno conhecido como Imperador Digimon, está escravizando os digimons. O novo grupo de Crianças Escolhidas, com a ajuda de seus Digimons, iniciam uma jornada para parar o maligno Imperador Digimon.