Depois de se defender da ameaça de uma invasão Neuroi de Romagna e destruir o ninho do inimigo em Veneza, Yoshika Miyafuji volta para sua cidade natal no Império de Fusou. Apesar da perda de suas habilidades mágicas e de cura, a ex-oficial da 501st Joint Fighter Wing quer continuar estudando medicina. Isso é para ajudar os necessitados, tanto civis quanto os que estão na linha de frente. Ela recebe um convite de uma prestigiada escola na Europa e decide aceitar a oferta, embarcando em uma viagem de volta ao continente dilacerado pela guerra.

No entanto, um novo perigo surge, à medida que mais e mais Neuroi conseguem romper as linhas de defesa humana, aparecendo despercebidos em áreas supostamente seguras e perturbando o equilíbrio de poder na Europa. O senso de dever de Yoshiki colide com sua incapacidade de pilotar uma Unidade Atacante, mas com seus amigos em perigo, parece que há apenas uma coisa que ela pode fazer.