O estudante médio do ensino médio Kyou Sogoru é um nadador ávido que mora na bela cidade de Maihama. Ele passa os dias saindo com amigos, nadando e jogando videogame. No entanto, sua vida normal vira de cabeça para baixo quando uma linda e misteriosa garota chamada Shizuno Misaki se aproxima dele com um pedido estranho - pule na piscina da escola juntos.

Este salto fatídico transporta Kyou para um mundo devastado pela guerra, onde humanos pilotam robôs humanóides impressionantes, conhecidos como Zegas, para lutar contra alienígenas mal-intencionados conhecidos como Gards-Orm. Para liderar este esforço, os humanos formaram o Cerebrum, uma organização rebelde que trabalha para impedir que os Gards-Orm erradiquem a humanidade.

Enquanto Kyou participa de operações de combate, encontra seus colegas pilotos Zega e testemunha inúmeras mortes, ele começa a questionar a verdadeira natureza deste mundo, bem como sua própria vida.