Yotsunoha conta a história do encontro de 4 amigos de infância, Yuzuki, Matsuri, Nono e Makoto na antiga e deserta escola dos quatro, a Academia Mochitsuki. Três anos antes, eles enterraram uma capsula do tempo sob uma árvore dentro da escola e fizeram uma promessa. Uma promessa de se encontrar de novo exatemente três anos depois daquele dia. E o dia daquela promessa finalmente chegou.