Durante o século 25, trezentos terráqueos saíram numa viagem para explorar a galáxia. O destino original deles era um planeta a 10,8 anos-luz de distância, mas ocorreu um problema nos motores que os fez acelerar. Eles acabaram 6 mil anos-luz fora da rota e foram sugados por um buraco negro. Mas um milagre aconteceu. O buraco negro estava conectado a um buraco branco. A nave transcendeu o contínuo espaço-tempo e chegou a outro sistema solar. Durante a fuga, uma criança nasceu. Ele foi o primeiro humano a chorar nesta nova terra. O nome da criança era Yamato Takeru. Depois de encontrar Susanoo, Takeru sai pelo planeta Izumo acompanhado de seus amigos, Roka, Oto e Ma Horoba, em busca de uma forma de acabar com Tsukuyomi.