
Depois de participar da Liga Johto, Satoshi decide começar de novo em mais uma jornada; desta vez sozinho e Pikachu, na terra de Houen. Embora ele não esteja sozinho por muito tempo, Haruka de 10 anos (que não gosta de Pokémon, mas só quer vir para ver o mundo) viaja com ele depois que Pikachu destrói sua bicicleta. Satoshi também se encontra com seu velho companheiro, Takeshi, e o irmão mais novo de Haruka, Masato. Juntos, eles viajam em Houen, lutando contra líderes de ginásio, participando de competições e outros eventos no caminho para a Liga Houen.