A história acontece na cidade de Ayanagi, perto do Mar do Japão. A história acontece no futuro, em uma cidade que se recupera de um desastre conhecido como "A Epidemia da Síndrome da Apatia". O estudante de 17 anos Shin Kazato e o seu irmão mais novo Jun vão morar com o seu irmão, Ryo, que apesar de ser bem jovem, já é o Chefe de Polícia da cidade de Ayanagi. E é nesse contexto que estranhos eventos começam a acontecer na cidade de Ayanagi: o repentino desaparecimento de toda a tripulação de um submarino; a volta da "Síndrome da Apatia", após um intervalo de 10 anos. Com Ryo perseguindo uma organização por trás dessa série de eventos, e Shin, que acaba se envolvendo, materializa um ser assustador chamado de Persona. Com isso, o destino dos Irmãos começa a mudar...