Shio Ogura é uma estudante do ensino médio japonês que está visitando Taiwan em uma viagem escolar quando de repente é atacada por monstros. Agentes conhecidos como “Detentores de E-Gene” da agência governamental DOGOO também chegam, utilizando armas infundidas com os espíritos de figuras históricas. Descobre-se que Shio também é uma Detentora de E-Gene quando a alma de Oda Nobunaga desperta depois que tenta resgatar uma amiga.