14 anos após o Terceiro Impacto, Shinji Ikari desperta para um mundo que ele não se lembra. Ele não envelheceu. Grande parte da Terra está em ruínas, Nerv foi desmantelada, e as pessoas que ele uma vez protegeu se voltaram contra ele. Fazendo amizade com o enigmático Nagisa Kaworu, Shinji continua sua luta contra os anjos e percebe que a luta está longe de terminar, mesmo podendo ser contra seus antigos aliados. A lutas dos personagens continuam no meio das batalhas contra os anjos e uns aos outros, espiralando para o que poderia ser, inevitavelmente, o fim do mundo.