
Depois do segundo impacto, tudo o que resta do Japão é Tokyo-3, uma cidade que está sendo atacada por criaturas gigantes que visam erradicar a espécie humana, chamadas Anjos. Depois de não ver seu pai por mais de oito anos, Shinji Ikari recebe um telefonema, dizendo para ir urgentemente para a sede da NERV, uma organização que lida com a destruição dos Anjos através do uso de mechas gigantes chamados Evas. O objetivo da Shinji é pilotar a Unidade Eva 01, em parceria com a piloto do Eva Unidade 00, Rei Ayanami.