Esse é um mundo onde ambos os homens e monstros existem. Aqueles que caçam os monstro são chamados de Hunters. Mas num canto pequeno do mundo dos Caçadores, existem aqueles chamados Riders que se ligam e coexistem com os monstros. Com sua Kizuna Ishi (Pedra de Afinidade) que os permite despertar o poder oculto nos monstros, Riders vivem em segredo com seus Otomon, os monstros com quem formaram uma conexão. Lute, um jovem garoto que vive na vila de Hakum, sonha em se tornar o melhor Rider do mundo. Tendo só 12 anos, ele começou a procurar seu próprio Otomon antes da cerimônia onde receberia sua própria Kizuna Ishi. Junto com seu bondoso amigo de infância Cheval, sua curiosa amiga de infância, Lilia e seu companheiro Naville, ele entra na floresta e tem um milagroso encontro com um Rathalos.