A cidade onde os sistemas de rede são desenvolvidos: Den City. A gigante empresa SOL Technology Co. está lá, e usa tecnologia avançada que criou para construir "LINK VRAINS", um espaço de realidade virtual. Em LINK VRAINS, surge um misterioso grupo de hackers que ataca por duelos chamado "The Hanoi Knights". Seu objetivo é causar a destruição do "Mundo de AI: Cyverse" que existe em algum lugar na rede. No entanto, há um duelista em LINK VRAINS disposto a enfrentar esta ameaça. Seu nome é Playmaker: ele derrota os Hanoi Knights em um duelo feroz, e depois sai sem dizer uma palavra. A verdadeira identidade do Playmaker é o aluno do ensino médio Yuusaku Fujiki. Yuusaku passa muito tempo em LINK VRAINS pois está procurando a verdade sobre um incidente que aconteceu em seu passado.