Num jogo de cartas em que personagens imaginários são criados, Yugi é considerado um dos melhores. Na competição Duelo dos Monstros, o garoto, que traz com ele o Enigma do Milênio, consegue derrotar qualquer oponente. Vencido inúmeras vezes, Seto Kaiba resolve procurar um meio de encontrar cartas poderosas para conseguir bater Yugi e vai ao encontro de Pegasus, o criador do jogo. Só que o menino não imaginava todos os perigos das cartas que conseguiu, que são manipuladas por um demônio perverso. Há cinco mil anos, o antigo deus egípcio da morte, Anúbis, tentou conquistar o mundo e foi derrotado pelo faraó, um ancestral de Yugi. Ao ressurgir com a ajuda de Seto Kaiba, o inimigo vai atrás do garoto em busca de vingança e tentará novamente acabar com a humanidade. O menino e seus amigos precisam, então, derrotar Seto Kaiba com um poderoso set de cartas e também impedir a ação do espírito de Anúbis.