Um portal para um mundo paralelo conhecido como Gate apareceu de repente em Ginza, Tóquio. Monstros e tropas saíram dele, transformando o distrito de compras num inferno sangrento. As Forças de Defesa Japonesas agiram imediatamente e expulsaram as criaturas de volta para Gate. Para facilitar as negociações e preparar-se para lutas futuras, as FAJ enviam a Terceira Equipe de Reconhecimento para a Região Especial no outro lado de Gate. Itami Youji, um oficial das FAJ que também é um otaku de 33 anos foi designado como líder da equipe. Em meio a ataques das tropas inimigas, a equipe visitou vários lugares e aprendeu bastante sobre a cultura e geografia locais. Graças a seus esforços humanitários, apesar de algumas dificuldades conseguira aos poucos chegarem aos locais. Juntaram-se a eles uma linda elfa, uma maga e uma semi-deusa. Por outro lado, as grandes potências fora de Gate como os EUA, China e Rússia estava extremamente interessados nos abundantes recursos da Região Especial, assim começaram a pressionar o Japão. Para as grandes potências, um portal para um mundo desconhecido pode ser a chave para a dominação mundial, mas para nossos heróis, é uma oportunidade única de aumentar seus conhecimentos, amizades e perspectiva sobre o mundo.