Sakura Mikan e Imai Hotaru, ambas de 10 anos, são melhores amigas que vivem numa cidade de interior. Um dia, Mikan recebe uma carta de Hotaru dizendo que esta se inscreveu numa escola em Tokyo e que partiria naquela manhã. Mikan corre desesperadamente até sua amiga, que lhe reconforta prometendo que voltaria nas férias. Passado alguns meses, Hotaru não dá as caras, apenas envia um cartão postal pedindo friamente que lhe mande melancias. Abalada, Mikan decide esquecer Hotaru, até que suas colegas de classe comentam que ela foi pra uma tal de “Academia Alice” para gênios, onde as cartas dos alunos são censuradas e não é permitido a saída nem nas férias. Para completar, ela ouve sem querer o velho diretor agradecendo a mãe de sua amiga, porque graças à remuneração recebida pelos pais de Hotaru a única escola da cidade não faliu. Indignada com o “egoísmo” de Hotaru, Mikan decide fugir e entrar nessa tal escola, mas ela logo descobre que as pessoas que são aceitas não são exatamente gênios.