Free!: Take Your Marks interpreta os graduados séniores no último verão através de quatro histórias diferentes antes de partirem para o futuro. Segue Haruka Nanase e Makoto Tachibana em busca de um novo apartamento para Haruka enquanto ele se instala em Tóquio. Vê Aiichiro Nitori escolher um presente de formatura para Rin Matsuoka e Sousuke Yamazaki, enquanto Momotaro Mikoshiba ganha ingressos para as Termas de Anago. Esperando uma viagem juntos, Aiichiro e Momotaro convidam Rin e Sousuke. Kessoku no Batafurai! (United Butterfly!) Mostra Rei Ryugazaki, Nagisa Hazuki e Gou Matsuoka criando um vídeo de recrutamento para atrair novos membros do clube para o próximo ano letivo. Analisa os planos das equipes de natação de Iwatobi e Samezuka para a festa surpresa de Rin, já que ele partirá para a Austrália em breve.