Baseado no jogo de 2009, Bayonetta: Bloody Fate segue a história da bruxa Bayonetta, mostrando ela derrotando os anjos sanguinários e tentando lembrar seu passado antes de ela ter acordado, há 20 anos. Junto dela há uma misteriosa garotinha que a chama de "Mamãe", um jornalista que tem um rancor pela Bayonetta e uma mulher de cabelo branco que parece saber sobre o passado de Bayonetta.