Após o incidente na União do Sudeste Asiático (SEAUn) em 2116, Shinya Kogami retoma sua jornada vagante. Em uma pequena nação do sul da Ásia, Kogami resgata um ônibus de refugiados sob ataque de forças armadas da guerrilha. Entre os refugiados está uma jovem chamada Tenzing, que implora a Kogami para ensiná-la a retaliar contra o inimigo. Exatamente o que a garota que deseja vingança e o homem que a vingou vê como eles olham para a beira de um mundo do qual não há escapatória?