A história se passa durante Junho de 1983, numa vila rural fictícia chamada Hinamizawa que possui uma população de aproximadamente 2000 habitantes. O personagem principal, Maebara Keiichi que se torna amigo de suas colegas de classe: Ryuugu Rena, Sonozaki Mion, Rika Furude, Houjou Satoko e posteriormente Sonozaki Shion. Keiichi se junta as atividades do clube após a escola, que consistem, na maioria das vezes, em jogos de cartas ou tabuleiro.A vila de Hinamizawa, aparentemente é normal e pacífica. Entretanto a tranquilidade termina quando é iniciado o festival anual Watanagashi.