Depois de viver dias pacíficos no dojo Kamiya, Kenshin Himura se encontra em uma encruzilhada crucial, quando sua promessa de nunca acabar com uma vida é colocada à prova. Após o assassinato de seu ex-comandante, ele agora tem que refazer o caminho da violência e do sangue para derrubar Makoto Shishio – o assassino prodígio que se autodenomina o sucessor do notório Battousai. Com ambições de derrubar o governo Meiji e estabelecer o seu domínio em Quioto, Shishio planejou meticulosamente durante uma década, construindo uma formidável força militar antigovernamental. Agora, Shishio voltou seu foco para recrutar Aoshi Shinomori, um assassino de sangue frio e ex-líder dos lendários guerreiros do Grupo Oniwaban. Enquanto Kenshin viaja por uma vila abandonada pelo governo e atualmente sob o punho de ferro dos capangas de Shishio, ele está determinado a evitar que o país volte à guerra civil. Ele se alia ao seu antigo rival, Hajime Saitou, forjando uma frágil parceria em uma batalha contra o império de Shishio que determinará o destino do Japão. [Escrito por MAL Rewrite]