No limiar do milênio, a batalha final pelo futuro da humanidade é encenada. O destino de Kamui Shirou foi decidido quando ele volta a Tóquio para enfrentar seu desafio final. O Dragão do Céu, defensores da Terra, estão prontos para proteger o mundo do Dragão da Terra, os sete anjos da lenda, que abraçam a devastação do planeta para realizar sua purificação. Agora Kamui precisa decidir de que lado lutar, embora ache a ideia totalmente desagradável.Quando percebe que seus dois amigos de infância, Fuma e Kotori Monou, estão em grave perigo, Kamui decide entrar em sua posição predestinada na luta decisiva do Ano do Destino: 1999.