As Crianças Escolhidas se reuniram com seus parceiros Digimon, que não se lembram mais deles devido aos efeitos de um reset digital. Enquanto todos tentam se reconectar com seus monstros digitais, Sora Takenouchi encontra resistência de Piyomon, que teimosamente se recusa a falar com ela. De repente, um ataque de um Digimon hostil separa o grupo, espalhando-os e seus Digimon pelo Mundo Digital. De volta ao mundo humano, Daigo Nishijima da Agência Administrativa Incorporada recebe um aviso de que uma nova entidade está em busca de "Libra", que ele acredita ser um pseudônimo de Meicoomon. Por alguma razão, Meicoomon retém todas as suas memórias e, portanto, ainda se lembra de sua parceira Meiko Mochizuki, que veio sozinha ao Mundo Digital para encontrá-la. Se eles esperam identificar quais outras forças estão conduzindo os incidentes até agora, as Crianças Escolhidas devem sobreviver aos obstáculos do mundo digital recriado e voltar para casa.