Yukimura Chizuru é uma garota que busca seu pai na cidade de Edo, e em sua jornada é perseguida por ronins e acaba sendo salva pelos temidos cães de Mibu, o Shinsengumi. Eles são os responsáveis por proteger as pessoas de Edo, e são a força armada de samurais do Tokugawa Bakufu. E então, Chizuru identifica que o Shinsengumi também está procurando por seu pai, e então ela começa a cooperar com o Shinsengumi. Em uma das missões do Shinsengumi, eles descobrem que existem Onis, que são seres muito poderosos e que têm um objetivo misterioso. Comandados por Kondou Isami, e tendo como vice-comandante Hijikata Toshizou, o Shinsengumi enfrenta várias batalhas em prol de descobrir o segredo da Água da Vida e dos Onis.