Silencioso, apático, mas travesso, Rokujou Miharu, de 14 anos, é o portador do hijutsu "Shinrabanshou", uma técnica poderosa que muitos clãs ninjas desejam para que possam se tornar o governante de Nabari. Seu colega de classe Kouichi Aizawa e o professor de inglês Thobari Durandal Kumohira são secretamente ninjas do clã Banten que se comprometeram a proteger Miharu de seus muitos atacantes. Mantendo-se apático, Miharu tenta rejeitar o convite para se juntar ao seu "clube" ninja. No entanto, após vários ataques, ele não encontra escolha a não ser se juntar ao grupo como um meio de sua sobrevivência. Lentamente, Miharu fica cada vez mais perto de se tornar o governante de Nabari.