Em um futuro próximo, um aumento repentino e inexplicável do mar deixou grande parte da civilização humana debaixo d'água. Ikaruga Natsuki, um menino que perdeu a mãe e a perna em um acidente alguns anos antes, retorna desiludido de uma vida dura na cidade grande para encontrar sua antiga casa de campo semiengolida pelo mar. Sem família, tudo o que tem em seu nome é o navio e o submarino deixados por sua avó oceanóloga e suas dívidas. Sua única esperança de restaurar os sonhos para o futuro que perdeu é aproveitar uma oportunidade que lhe foi apresentada pela suspeita cobradora de dívidas Catherine. Eles partiram para vasculhar as ruínas afundadas do laboratório de sua avó, a fim de encontrar um tesouro que o boato diz que ela deixou lá. Mas o que eles encontram não são riquezas ou joias; É uma menina estranha dormindo em um caixão no fundo do mar. Atri. Atri é um robô, mas sua aparência e sua riqueza de emoções enganariam qualquer um a pensar que ela é um ser humano vivo e respirante. Em agradecimento por ter sido salva, ela faz uma declaração a Natsuki: "Quero cumprir a ordem final do meu mestre. Até que eu faça, serei sua perna!" Em uma cidadezinha lentamente envolvida pelo oceano, um verão inesquecível está prestes a começar para este menino e esta misteriosa garota robô.