BoogiePop Phantom se passa num período que abrange os últimos cinco anos. No presente, um misterioso raio de luz, de alguma forma, desencadeia uma série de acontecimentos, aparentemente, inexplicáveis. Jovens começam, repentinamente, a desaparecer, e atribuem-se tais incidentes a uma lenda urbana, o BoogiePop. Mas quem é BoogiePop? Ele realmente existe? O que ele e o raio têm a ver com os acontecimentos ocorridos cinco anos atrás? O que esses jovens que estão desaparecendo têm de especial? Quem são Echoes e Mantícora? O que significa o estranho arco-íris que tem coberto o céu japonês após o raio? Felizmente, nesse caso, não basta assistir ao último episódio para obter essas respostas. É necessário assistir a cada cena, sem piscar, até o fim.