A história gira em torno de Kurokami Medaka, uma garota de físico perfeito, caráter e notas perfeitas, e Zenkichi Hitoyoshi, seu amigo de infância. Ao assumir o cargo de presidente do conselho estudantil, Medaka cria a “Caixa de Sugestões” (Medaka Box) para ajudar todos os alunos em qualquer coisa, até mesmo o impossível. Com o tempo, Medaka e o conselho estudantil estarão envolvidos em uma conspiração de séculos atrás, batalhas contra aluno sobre-humanos e suas anomalias. Tudo para manutenção da paz na Academia Hakoniwa.