Cerca de 10 anos após a Segunda Guerra Mundial, um grupo de delinquentes foi enviado para a Escola Disciplinar Especial Shonan, tendo que aprender a enfrentar as atrocidades e injustiças cometidas no local. Um estudante que já se encontrava lá quando os jovens chegaram age como seu mentor, os ensinando sobre amizade e os guiando através das dificuldades. Rainbow é uma série diferenciada quanto ao seu tema, tratando com certa seriedade de um assunto frequentemente evitado, que é a vida numa casa de correção. Por se passar numa época em que os fantasmas da guerra eram vivos, a abordagem história é feita pela ótica do pós-guerra no Japão.