A história acontece numa Terra onde os ataques alienígenas transformaram-se em rotina todos os dias, em vez de um simples fenômeno raro. Todos os países do mundo têm unido os seus esforços para desenvolver medidas eficazes contra o ataque alienígena, mas todas sem êxito. No Japão (onde mais?), Existe uma organização secreta chamada GRA (Grand Rifurekuto Amudo) sob o controle direto da Alien Defense Agency. O principal objetivo desta organização é o de encontrar uma medida especial contra o ataque alienígena com a ajuda da Dra. Sanada Mio. A Dra. Sanada Mio inventou uma próxima geração arma que ela chamado "G-ON" para repelir o ataque alienígena. Esta nova arma secreta tem que ressoar com o coração de seu usuário e ele irá transformar-se em uma espada que detém poder proporcional à força de do coração de quem usa-lo. Então assim, a nova arma e o plano são aprovados imediatamente e uma escola especial é estabelecida pra recrutar jovens de todo o país.