Uma grande guerra ocorreu no século vinte entre os humanos e monstros. Desde aquela época, os monstros dominam o mundo com o medo, mas é algo relativamente escondido da opinião pública. Um menino chamado Bocca questiona o passado e se pergunta o que aconteceu com os guerreiros que defendiam o mundo tão bravamente contra esses monstros. Ele logo descobre Kurofune, um guerreiro de Melos, que usa uma Aibar Machine, máquina de combate. Os guerreiros são os únicos que podem ver e ouvir a "Melodia do Esquecimento", uma menina fantasma escondida e esperando para ser resgatada, e assim salvar a humanidade. Durante uma batalha entre Kurofune e um monstro, Bocca descobre algo fora do contexto... ele também podere ouvir a melodia. Então, em uma longa viagem e diversas batalhas, Bocca descobre novas habilidades e enfrenta diversos monstros, em busca da Melodia do Esquecimento e consequentemente uma esperança para a paz mundial.